Задание 1
gatc-a.pdbЗадание 2
В сторону малой бороздки обращены атомы g9.o6 g9.c6 g9.n1 g9.c2 g9.n2 g9.n3
В сторону большой бороздки обращены атомы g9.n7 g9.c8 g9.n9
Данные программы
| A-форма | B-форма | *Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | Паравая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Ангстрем) | 28.03 | 33.75 | 43,0 |
| Число оснований на виток | 11 | 11 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 7.98 | 20.58 | 18,30 |
| Ширина малой бороздки | 16.97 | 13.2 | 9б,7 |
Экспериментальные данные
| A-форма | B-форма | *Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | |||
| Шаг спирали (Ангстрем) | 29.61 | 30.08 | |
| Число оснований на виток | 11 | 11 | |
| Ширина большой бороздки | 12.69 | 19.29 | |
| Ширина малой бороздки | 15.76 | 14.25 |
Задание 3
α: O3'(i-1)-P-O5'-C5'
β: P-O5'-C5'-C4'
γ: O5'-C5'-C4'-C3'
δ: C5'-C4'-C3'-O3'
ε: C4'-C3'-O3'-P(i+1)
ζ: C3'-O3'-P(i+1)-O5'(i+1)
χ для пиримидинов: O4'-C1'-N1-C2
χ для пуринов: O4'-C1'-N9-C4
| alpha | beta | gamma | delta | epsilon | zeta | chi | |
| RNA | -43,27 | 57,93 | 53,84 | 85,64 | -125,48 | -53,74 | -135,28 |
| A | -51,7 | 174,8 | 41,7 | 79,1 | -147,8 | -75,1 | -157,2 |
| B | -29,9 | 136,4 | 31,1 | 143,4 | -140,8 | -160,5 | -98 |
| Z | -43,8 | 21,1 | -61,45 | 116,25 | -100,05 | 8,6 | -47,8 |
Координаты стеблей
1)501-507(strand I)/572-566(strand II)
1)549-553(strand I)/565-561(strand II)
1)539-544(strand I)/531-526(strand II)
1)510-513(strand I)/525-522(strand II)
Неканонические пары
502_:[..G]G-*---U[..U]:.571
554_:[..U]U-**--A[..A]:.558
555_:[..U]U-**+-G[..G]:.518
538_:[..A]A-**--C[..C]:.532
544_:[..A]A-**--G[..G]:.526
513_:[..U]U-*---G[..G]:.522
508_:[..U]U-**--A[..A]:.546
514_:[..A]A-**--A[..A]:.521
515_:[..G]G-**+-C[..C]:.548